Posterior a la conquista española, inició la época de evangelización indígena; en 1573 la Orden de los Concepcionistas fundó en las actuales calles de Uruguay y Correo Mayor número 65, el convento de la Balvanera, aunque dedicado a Jesús de la Penitencia.

Sin embargo, por razones que se desconocen, el inmueble tuvo que ser demolido y el tres de mayo de 1667 inició el nuevo edificio, el cual fue financiado por la señora Beatriz Miranda y se concluyó el 21 de noviembre de 1671.

Las religiosas fueron trasladadas al convento de San Jerónimo en 1861, con lo que sólo quedó en pie la iglesia, ya que en 1867 fue fraccionado una parte de la construcción, que pasó a ser propiedad del General José de la Cruz Moreno.

En ese entonces una descripción del inmueble detallaba que era un templo de estilo barroco, que presenta en sus dos portadas un entablamento decorado con metopas y triglifos, coronados por un frontón en cuya parte inferior como si estuviesen suspendidos; la única torre es de dos cuerpos y está recubierta de azulejos al estilo mudéjar.

"El inmueble tiene unas portadas sencillas con severos contrafuertes; no tiene cúpula al contrario de la mayoría de estas edificaciones. Tiene unas hermosas bóvedas de arista y con un original campanario, que se puede considerar como la obra más típica de la influencia oriental o de morisco mexicano.

A principios del siglo XIX se renovó la fachada, aunque conservando el mismo orden arquitectónico de la iglesia.

De acuerdo a un relato hecho en 1928, el altar mayor era de piedra; tenía en el centro una escultura de la Virgen de Balvanera abrazando a un infante y vestida de terciopelo con un manto azul de raso, así como una corona imperial de metal.

A su lado se hallaba una escultura del Sagrado Corazón de Jesús, ataviado con un manto de seda blanca con galón dorado; al costado se encontraba un cromo de Santa Teresa de Jesús con siete milagros de plata y uno de oro.

Por su parte, en el altar de San Francisco se podrían apreciar esculturas de la Virgen de Lourdes y de la Virgen de la Soledad, ambas con un resplandor dorado y varios milagros de plata y oro.

También existían esculturas de San Antonio con 65 milagros de plata; un altar dedicado a San José de madera de cedro con dos milagros de oro y un óleo de la Virgen de Guadalupe.

Todo lo anterior fue puesto a subasta en 1928, empero, no se saben los motivos de este evento.

Este templo es de culto católico y en 1939, la colonia sirio-libanesa asentada en nuestro país decidió ser devota de esta iglesia. En 1967, se registró un cambio en las 5 campanas, debido al deterioro que presentaban.

La historia de esta orden religiosa se remonta al año de 1695, en que tres jóvenes oriundos de Alepo, se reunieron para dar un giro a la vida monástica de Líbano, por lo que el primer nombre de la congregación fue el de Orden Alepina Maromita.