Edificado hace casi 400 años, el Museo del Carmen ha sido sede de una orden religiosa; con las Leyes de Reforma pasó a manos del Estado; fue ocupado por los invasores estadounidenses, más tarde por las tropas zapatistas y luego por las huestes carrancistas; propiedad de algunos herederos favorecidos por la Revolución; convento y actual centro cultural en la zona de San Ángel.

Allá por 1615, la Orden de los Carmelitas Descalzos de la Provincia de Alberto Magno, se estableció en los rumbos del pueblo llamado San Jacinto Tenatitla, que en náhuatl significa "junto a la muralla de piedra", en un barrio que pertenecía al señorío prehispánico Tepaneca de Coyoacán.

En este sitio, Fray Andrés de San Miguel, quien posteriormente fuera el autor de conventos en Querétaro y Michoacán, así como del Desierto de los Leones, se abocó a la construcción del Convento, mismo que concluyó hasta 1628.

Según el modelo católico, la edificación debería propiciar el retiro espiritual, la soledad necesaria para la meditación. Lo anterior fue representado en la sobriedad de la fachada del templo y el claustro principal, incluso, en vez de las costosas torres-campanario, se erigieron espadañas, aunque el pórtico se hizo a semejanza de la descripción bíblica del templo de Salomón.

Los Carmelitas hicieron dos grandes huertos y una escuela de horticultores, lo que causó grandes ganancias para ellos, ya que vendían toda la mercancía a la población. Estos terrenos que medían 36 varas de frente por 200 varas de fondo, serían años después disputados por las familias acomodadas de la época.

Con el transcurrir del tiempo la austeridad de esta orden vino a menos: fueron añadidas dos capillas perpendiculares al eje de la nave instalada en el siglo XVIII, que fueron rematadas por cúpulas de gajos dispuestas sobre tambores octagonales coronadas con linternillas esbeltas. Además, su cara exterior se recubrió con azulejos de vivos colores.

Una capilla se engalanó con tres retablos de estilo churrigueresco, los que se perdieron junto con cinco grandes óleos sobre tela que pendían de los muros, durante un incendio ocurrido en 1935.

El auge de este convento terminó a mediados del siglo XIX: primero fue sitiado por los soldados de Estados Unidos a lo largo de casi un año; los Carmelitas retornaron al inmueble sólo para constatar los daños causados por los invasores.

Más adelante vinieron las Leyes de Reforma, y por ende todas las propiedades de la Iglesia pasaron a ser parte del Estado. En esos tiempos, Felipe Casildo y el General Aureliano Rivera reclamaron los predios de las huertas, y los obtuvieron a favor de Mariano Gálvez y Rafael Martínez de la Torre.

Dolores Gálvez, heredó parte del predio y los vendió a la Compañía del Ferrocarril del Valle, que transitaba por la actual Avenida Revolución. En 1907, los señores Mauricio Horner, Francisco Neugebauer, y Antonio y León Signoret, adquirieron la propiedad por 120 mil pesos y constituyeron la "Compañía del Huerto del Carmen".

Todo esto se acabó con la llegada de la Revolución Mexicana: el otrora convento fue ocupado por las fuerzas encabezadas por Emiliano Zapata, que serían desalojadas por la gente lidereada por Venustiano Carranza. Con todo esto, la construcción se vio severamente dañada tanto en su mobiliario como en la arquitectura.

Finalizado el conflicto, los religiosos regresaron de nueva cuenta al convento. En 1921, gracias a un Decreto Presidencial, una fracción del monasterio se entregó a la Inspección General de Monumentos Históricos y Artísticos.

17 años más tarde, otra parte se destinó al Instituto Nacional de Antropología e Historia y en 1940, con la prolongación de la Avenida Insurgentes hasta el monumento a Alvaro Obregón, fueron borrados los pocos vestigios que quedaban de las huertas.

El Ex Convento del Carmen fue declarado Monumento Histórico en 1972, y en la actualidad, se pueden visitar cadáveres momificados, una celda y un claustro en el Museo Del Carmen.